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Espècies incloses als annexos I i II del Catàleg de flora amenaçada de Catalunya, Decret 172/2008, de 26 d'agost.
| Allium pyrenaicum Costa et Vayr. in Costa |
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| Arabis soyeri Reut. et A. Huet subsp. soyeri |
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| Arisarum vulgare Targ. Tozz. subsp. simorrhinum (Durieu) Maire et Weiller |
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| Arthrocnemum perenne (Mill.) Moss subsp. alpini (Lag.) O. Bolòs, Vigo, Masalles et Ninot |
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| Asplenium marinum L. |
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| Asplenium obovatum Viv. subsp. obovatum |
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| Asplenium seelosii Leyb. subsp. catalaunicum (O. Bolòs et Vigo) P. Monts. |
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| Astragalus penduliflorus Lam. |
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| Berberis vulgaris L. subsp. seroi O. Bolòs et Vigo |
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| Botrychium matricariifolium A. Br. ex Koch |
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| Callitriche platycarpa Kütz. in Rchb. |
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| Cardamine parviflora L. |
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| Carex grioletii Roem. |
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| Cheilanthes vellea (Aiton) F. Muell. |
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| Chrysosplenium alternifolium L. |
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| Cneorum tricoccon L. |
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| Corallorhiza trifida Châtel. |
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| Cypripedium calceolus L. |
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| Daphne alpina L. |
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| Delphinium elatum L. subsp. montanum (DC.) Nyman |
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| Dracocephalum austriacum L. |
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| Dryopteris carthusiana (Vill.) H. P. Fuchs subsp. remota (A. Br. ex Döll) O. Bolòs, Vigo, Masalles et Ninot |
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| Dryopteris villarii (Bellardi) Woyn. ex Schinz et Thell. subsp. submontana Fraser-Jenk. et Jermy |
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| Elatine alsinastrum L. |
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| Elatine hydropiper L. subsp. macropoda (Guss.) O. Bolòs et Vigo |
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| Epipogium aphyllum Sw. |
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| Erica vagans L. |
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| Erodium foetidum (L. et Nath.) L'Hér. subsp. crispum (Lapeyr.) O. Bolòs et Vigo |
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| Erodium foetidum (L. et Nath.) L’Hér. subsp. lucidum (Lapeyr.) O. Bolòs et Vigo |
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| Erodium foetidum (L. et Nath.) L’Hér. subsp. rupestre (Pourr. ex Cav.) O. Bolòs et Vigo |
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| Euphorbia dendroides L. |
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| Euphorbia palustris L. |
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| Gagea pratensis (Pers.) Dumort. |
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| Galium scabrum L. |
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| Gentiana pneumonanthe L. |
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| Geranium bohemicum L. subsp. lanuginosum (Lam.) O. Bolòs et Vigo |
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| Gymnadenia odoratissima (L.) Rich. |
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| Halimium halimifolium (L.) Willk. in Willk. et Lange subsp. halimifolium |
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| Hippuris vulgaris L. |
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| Hydrocharis morsus-ranae L. |
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| Hydrocotyle vulgaris L. |
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| Hypericum elodes L. |
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| Isoetes duriei Bory |
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| Isoetes setacea Lam. |
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| Isoetes velata A. Br. subsp. velata |
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| Juncus balticus Willd. subsp. pyrenaeus (Timb.-Lagr. et Jeanb.) P. Fourn. |
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| Lappula deflexa (Wahlenb.) Garcke |
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| Leontopodium alpinum Cass. subsp. alpinum |
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| Limonium bellidifolium (Gouan) Dumort. |
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| Limonium catalaunicum (Willk. et Costa) Pignatti |
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| Limonium geronense Erben |
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| Limonium girardianum (Guss.) Fourr. |
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| Limonium tremolsii (Rouy) Erben |
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| Lithospermum oleifolium Lapeyr. |
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| Maianthemum bifolium (L.) F. W. Schmidt |
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| Maresia nana (DC.) Batt. in Batt. et Trab. |
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| Marsilea quadrifolia L. |
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| Marsilea strigosa Willd. |
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| Melampyrum nemorosum L. subsp. catalaunicum (Freyn) P. Beauv. |
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| Menyanthes trifoliata L. |
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| Minuartia villarii (Balb.) Wilczeck et Chenevard |
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| Najas marina L. |
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| Oplismenus undulatifolius (Ard.) Roem. et Schultes |
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| Orchis laxiflora Lam. subsp. palustris (Jacq.) Bonnier et Layens |
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| Pedicularis comosa L. subsp. asparagoides (Lapeyr.) P. fourn. |
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| Pellaea calomelanos (Sw.) Link |
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| Peucedanum schottii Besser ex DC. |
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| Pimpinella tragium Vill. |
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| Plantago cornuti Gouan |
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| Plantago loeflingii L. subsp. loeflingii |
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| Polygala vayredae Costa |
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| Polygonum romanum Jacq. subsp. gallicum (Raffaelli) Raffaelli et Villar |
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| Ranunculus lingua L. |
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| Ranunculus nodiflorus L. |
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| Reseda phyteuma L. subsp. jacquinii (Rchb.) O. Bolòs et Vigo |
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| Rorippa amphibia (L.) Besser |
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| Rumex hydrolapathum Huds. |
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| Salicornia emerici Duval-Jouve |
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| Salix lapponum L. |
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| Salsola soda L. |
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| Saxifraga callosa Sm. in Dickson subsp. catalaunica (Boiss.) D. A. Webb |
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| Saxifraga geranioides L. subsp. genesiana (P. Vargas) O. Bolòs, Vigo, Masalles et Ninot |
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| Saxifraga hypnoides L. subsp. continentalis Engl. et Irmsch. |
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| Saxifraga vayredana Luizet |
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| Scirpus sylvaticus L. |
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| Scorzonera humilis L. |
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| Scutellaria galericulata L. |
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| Senecio aquaticus Hill subsp. aquaticus |
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| Seseli elatum L. subsp. farrenyii (Molero et Pujadas) O. Bolòs et Vigo |
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| Sideritis hirsuta L. subsp. bubanii (Font Quer) O. Bolòs, Vigo, Masalles et Ninot |
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| Silaum silaus (L.) Schinz et Thell. |
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| Silene italica (L.) Pers. subsp. sennenii (Pau) O. Bolòs et Vigo |
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| Silene sedoides Poiret |
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| Simethis mattiazzi (Vand.) G. López et Ch. E. Jarvis |
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| Spiraea crenata L. |
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| Spiranthes aestivalis (Poiret) Rich. |
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| Stachys maritima Gouan |
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| Succowia balearica (L.) Medik. |
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| Taraxacum laevigatum (Willd.) DC. |
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| Thalictrum morisonii C. C. Gmel. subsp. maritimum (Dufour) O. Bolòs, Vigo, Masalles et Ninot |
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| Thelypteris palustris Schott |
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| Triglochin bulbosum L. subsp. barrelieri (Loisel.) Rouy |
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| Utricularia australis R. Br. |
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| Veronica scutellata L. |
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| Woodsia alpina (Bolton) Gray |
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| Woodsia glabella R. Br. subsp. pulchella (Bertol.) Á. Löwe et D. Löwe |
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